Como es frecuente entre los filósofos presocráticos, tampoco podemos fijar con exactitud la fecha del nacimiento de Empédocles aunque, por testimonios indirectos, podemos aceptar el año 495 a.c., pero sí que era ciudadano de Akragas (Agrigento), en Sicilia. Su personalidad está envuelta en la leyenda ya que, además de filósofo, fue conocido por sus habilidades como médico y sus actividades relacionadas con la magia o con el chamanismo. Se dice que fue discípulo de Pitágoras o, cuando menos, pitagórico y maestro del sofista Gorgias de Leontini, atribuyéndosele también la creación de la retórica.

Sobre su muerte se cuentan varias anécdotas, siendo una de las más conocidas la de su desaparición arrojándose a las entrañas del Etna, ("Hipoboto asegura que cuando se levantó se encaminó al Etna, y que habiendo llegado, se arrojó al volcán y desapareció, queriendo dejar fama de sí de haber sido hecho dios; pero después fue descubierto, arrojando fuera la fuerza de las llamas una de sus sandalias, que eran de bronce, de cuyo metal solía llevar el calzado.") O la de haberse arrojado al fuego tras realizar una curación milagrosa habiendo sido adorado por sus conciudadanos recogidas ambas por Diógenes Laercio:

"... habiendo acometido a los selinuncios un contagio de peste por el hecho de un río cercano corrompido, de modo que no sólo morían, sino que también se les dificultaban los partos a las mujeres, discurrió Empédocles conducir a él a costa suya dos de los ríos más inmediatos, con cuya mezcla se endulzaron las aguas. Cesada la peste, y hallándose los selinuncios celebrando un banquete a las orillas del río, apareció allí Empédocles; y ellos, levantándose, lo adoraron como un dios y le ofrecieron sus votos. Así, queriendo confirmar esta opinión, se arrojó al fuego. Pero Timeo contradice esto, diciendo abiertamente cómo Empédocles se retiró al Peloponeso y ya no volvió; por cuya razón es incierta su muerte."