Felipe II tiene que hacer frente a numerosos problemas internos y exteriores. En el marco religioso, se enfrentó a los focos protestantes de Valladolid y Sevilla, y se celebraron varios autos de fe. En 1568 se enfrenta a la rebelión morisca en las Alpujarras, y en 1591 se enfrenta a un grave caso de corrupción en la figura de Antonio Pérez.

En el marco exterior, Felipe tomó Portugal en 1581 y obtuvo importantes victorias contra los berberiscos y otomanos, como la de Lepanto. En 1588 perdió gran parte de la flota conocida como Armada Invencible, destinada a invadir Inglaterra.

La España del siglo XVI tuvo que hacer frente a varios problemas, tanto de índole interna como externa. Una de las principales preocupaciones de los monarcas fue conseguir la unidad religiosa, amenazada por la presencia de focos luteranos en Valladolid y Sevilla, sobre todo. La lucha contra la heterodoxia religiosa se plasmó en la celebración de varios autos de fe, que fueron llevados a cabo en Valladolid, Toledo, Sevilla y Murcia. También tuvo un fondo religioso la rebelión de los moriscos de las Alpujarras, que se produjo entre 1568 y 1570 y que contaban con ayuda turca. La guerra se saldó con la derrota de los musulmanes y el destierro de sus poblaciones, paso previo a su expulsión definitiva en 1610.

Conflicto interno fue también la guerra de las Comunidades, en el que ciudades como Burgos, Palencia, Zamora, Salamanca, Madrid o Toledo, entre otras, se alzaron contra Carlos V en defensa de sus privilegios y fueros. Igualmente se produjeron las germanías, reivindicación de tipo social y económico que produjo alzamientos en ciudades como Benicarló, Valencia, Elche o Palma. En Aragón se produjo además un grave conflicto en 1591, cuando Antonio Pérez, secretario de Felipe II acusado de corrupción, se refugió en Zaragoza. La entrada de tropas castellanas en su busca provocó una cruenta guerra. Los reyes españoles hubieron de hacer frente a diversos conflictos en el exterior. Portugal se agregó a España en 1581.

Contra Inglaterra se preparó la famosa Armada Invencible, que partió de La Coruña en 1588. La confrontación con este país provocó también asaltos ingleses a los puertos de Lisboa, en 1589, y Cádiz, en 1596. Por último, las costas levantinas fueron objeto de frecuentes ataques de los piratas berberiscos. Contra estos se preparó una expedición que tomó Argel en 1541, al tiempo que se enviaban sendas flotas con dirección a Túnez, en 1535, y Lepanto, 1571.

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